En 1635, l'abbaye adopta la réforme de Sainte-Geneviève : en 1635-43, on construisit le bâtiment conventuel encore visible aujourd'hui, alors appelé maison abbatiale, comprenant salle du chapitre, réfectoire, cuisine, dortoir, chauffoir, bibliothèque, oratoire et chambres.

Henri Lenet de Larrey, abbé de 1662 à 1710, fit construire le porche de l'église que A. C. F. Gagne de Perrigny, avant-dernier abbé, fera remanié en 1727 ou 1739.

L'abbaye fut acquise le 25 thermidor an V par l'hôpital Saint-Pierre dont le transfert (26 juillet 1806) entraîna des remaniements (destruction du choeur à chevet plat et de ses chapelles latérales, transformation du transept et de la 7e travée de la nef et des bas-côtés en salles pour les malades) .

En 1825, l'architecte châtillonnais Tridon construisit le clocher actuel. L'ancien clocher, détruit en 1807, s'élevait au-dessus de la croisée du transept. En 1835, on aménagea le choeur et la sacristie actuels. La dédicace de l'église à saint Pierre date du 6 août 1835.

C’est dans cette ancienne Abbaye que se trouvera le futur Musée de Châtillon sur Seine.