Après sa promotion, le général Pershing demanda à être affecté aux Philippines.

Il obtint le commandement du fort McKinley, près de Manille.

L'automne 1908 sembla annoncer une guerre imminente dans les Balkans.

On demanda à Pershing de se rendre à Paris et, au cas où la guerre éclaterait, de jouer le rôle d'observateur militaire.

Les Pershing s'établirent à Paris pendant deux mois puis retournèrent aux États-Unis, car la situation dans les Balkans s'était calmée.

Pendant son absence, la situation avec les Moro de Mindanao et dans les îles de Sulu était redevenue houleuse.

Le gouverneur des Philippines, Smith, réclama le retour d'urgence du général Pershing, malheureusement ce dernier était atteint de complications résultant de la malaria.,mais en octobre il put retourner aux Philippines afin de reprendre en main la province de Moro, en tant que gouverneur militaire.

Les Moros furent désarmés en douceur lorsque cela était possible, et par la force si nécessaire.

Pershing rétablit une nouvelle fois l'ordre et le calme dans la région.